Свою историю музей ведет от Кубанского Войскового этнографического и естественно-исторического музея, который был основан в 1879 г. при Кубанском областном статистическом комитете региональным историком, войсковым старшиной Евгением Дмитриевичем Фелицыным (1848-1903). Современники называли Фелицына «энциклопедией Кавказа», «живой летописью». Он в совершенстве знал историю и географию края, археологию и этнографию, картографию, изучал геологию, ботанику и минералогию.

Первыми экспонатами музея стали подарки, пожертвования населения и личные собрания Е.Д. Фелицына по археологии и этнографии. На их приобретение Фелицын тратил своё небольшое жалование, часто влезая в долги. Музей обязан ему одной из лучших в мире коллекций каменных «половецких» изваяний, которые он свозил на подводах со всей Кубанской области. Только за первый год численность коллекции составило 276 предметов по археологии и 42 предмета по этнографии.

В стремлении изучить древнюю историю народов, населявших Северный Кавказ, Фелицын с большим энтузиазмом занимался выявлением и сбором археологических памятников. В 1879 г. он обнаружил в Екатеринодаре и отправил в Москву две греческие плиты, считавшиеся уже потерянными для науки, на которых значились имена Левкона, царя синдов, и Ксеноклида (IV в. до н.э.). Фелицын является автором уникальной археологической карты древностей Кубанской области, изданной в 1882 году Императорским Московским археологическим обществом.

Особо бережное отношение Евгений Дмитриевич проявлял к памятникам русской истории, памятным местам. Осенью 1879 года Фелицын совершил поездку в Тамань, где провел изыскания о пребывании здесь великого русского поэта М.Ю. Лермонтова. Им были сделаны рисунки и описана хата казака Мысника, где останавливался поэт. Эти исследования помогли музейщикам создать в 1976 году историко-этнографическую экспозицию музея М.Ю. Лермонтова в Тамани.

В марте 1880 г. император Александр II за особые труды наградил Е.Д. Фелицына орденом Станислава III степени. За свою плодотворную общественную деятельность он был избран почетным членом Ставропольского и Кубанского областных статистических комитетов, общества любителей изучения Кубанской области, действительным членом Московского археологического общества, Императорского общества любителей естествоиспытания, антропологии и этнографии, Императорского Одесского общества истории и древностей, Кавказского отдела Императорского русского географического общества, Таврической учетной архивной комиссии, Петербургского русского археологического общества, Общества любителей древней письменности.

После смерти Фелицына почти вся его библиотека, документы и фотографии, разошлись по частным коллекциям. И лишь в 1909 году, спустя 6 лет со дня смерти учёного, наказной атаман Михаил Бабыч издал указ о комплектовании личного архива историка и передаче его Войсковому музею.

Кубанский историк и друг Е.Д. Фелицына – Ф.А. Щербина на экскурсии в Войсковом музее. 1909 г. Как часто бывает, дело живёт, пока есть преданные ему энтузиасты. И в этом смысле музею везло, с ним связаны многие славные имена.

В 1890-е годы забота о состоянии и развитии музея переходит к новому секретарю Кубанского областного статистического комитета Василию Андреевичу Щербине (1840-1906) и действительному члену комитета Василию Михайловичу Сысоеву (1864-?).

Понимая культурную роль и значение музея, В.А. Щербина и В.М. Сысоев предлагали выделить Кубанский Войсковой музей в самостоятельное учреждение. Однако, осуществить задуманное удалось лишь в 1906 г., тогда и начался новый этап в истории музея. 16 декабря Главное управление казачьих войск и Военный совет приняли решение удовлетворить ходатайство Кубанского областного правления и наказного атамана о выделении музея в самостоятельную единицу. К этому моменту в музее хранилось более 1500 предметов. Первым заведующим Кубанского войскового этнографического и естественно-исторического музея стал общественный деятель Кирилл Трофимович Живило (1854-1914). Его связывала тесная дружба с кубанским историком и основателем музея Е.Д. Фелицыным, по поручению которого он проводил ряд археологических раскопок и собирал предметы старины. В 1909 году К.Т. Живило составляет подробный каталог библиотеки музея, которая насчитывала более 5 тыс. книг. К.Т. Живило можно считать одним из «пионеров» экскурсионного дела на Кубани. В начале ХХ века он организовывает поездки учащихся по Екатеринодару, в Горячий Ключ, на Тамань для знакомства с живой природой и древностями.

Последним заведующим Кубанского войскового музея стал Иван Ефимович Гладкий (1862-1930). Это имя сейчас известно только небольшому кругу краеведов. Однако своей деятельностью он внес большой вклад в изучение и сохранение культурного наследия Кубани.  Позже в своей автобиографии он напишет о том, что главным успехом в жизни он считал свою работу на благо процветания Кубанского войскового музея и приумножения его коллекций, приведения в порядок старых поступлений, чем «добился признания музея в центре и на местах как научно-просветительного учреждения». В 1913 году музей располагал 8000 экспонатов и принял 4530 посетителей, провел около 3000 экскурсий. Для детей и учащихся посещение музея и экскурсии были бесплатными.

Войсковой музей не прекращал свою деятельность в 1917–1919 годах. В своем последнем докладе краевому кубанскому правительству в сентябре 1919 года И.Е.Гладкий сказал прекрасные слова, не утратившие актуальности до сих пор: «Прошу благожелательного отношения к судьбе музея и к служащим в нем людям – прямым, простым, честным, без устали работающим, исполняя всякую и белую и черную работу по музею. О чем по долгу службы и справедливости свидетельствую!».

После Октябрьской революции все музеи были национализированы. В   1918–20 гг. началось создание Государственного Музейного фонда и формирование государственной системы управления музейными делами и охраны памятников культуры. В условиях разрухи и разлада Гражданской войны Краснодарский музей оказался на краю гибели, но по приказу Главного управления научными, музейными и научно-художественными учреждениями Наркомпроса РСФСР был взят под особую охрану.

Несмотря на тяжелые условия жизни, музей продолжал вести просветительскую деятельность, организуя экскурсии с практическими занятиями. Состоявшийся 23 октября 1922 г. в Краснодаре I съезд по краеведению принял резолюцию, закрепившую за музеем статус научного центра по изучению края и одновременно пропагандистского учреждения.

В 1931 г. музей стал Краснодарским историко-краеведческим музеем. Помимо экспозиционных залов музей имел фондохранилище, библиотеку в 7 тысяч томов и уникальный архив документов по истории Черноморского и Кубанского казачьих войск XVIII–XX вв., отчетов этнографических экспедиций и рукописных книг.

17 марта 1936 г. директором историко-краеведческого музея была назначена Фекла Васильевна Навозова. В связи с образованием Краснодарского края (1937 г.) музей перевели в краевое подчинение, что повысило его статус и открыло новые перспективы развития. Приоритетным направлением музейной деятельности стала политико-просветительная работа: пропаганда экономических задач страны и трансляция достижений советской власти. Особое внимание уделялось патриотическому воспитанию – началась широкая пропаганда деятельности полководцев Александра Невского, Дмитрия Донского, Д.М. Пожарского, А.В. Суворова, М.И. Кутузова.

Наглядным результатом всех сфер музейной деятельности была экспозиционно-выставочная работа. В начале 1930-х годов работали три тематических раздела: «вводный», «естественный», «доклассового общества». В первом – раскрывалась тема эволюции жизни на земле, во втором – демонстрировался животный и растительный мир края, в третьем – была представлена древняя история.

В предвоенный период музей активизировал свои исследования по многим направлениям – этнография, история Кубани XIX – начала ХХ вв. и советского периода, естественнонаучные исследования. С середины 1930-х гг. возобновились археологические изыскания. В 1935 г. Н.В. Анфимов совершил восемь разведывательных выездов по краю, обследовал дельту реки Кубань (р-н Приморско-Ахтарска и Темрюка). В 1936 г. им проведены раскопки интереснейших памятников меотской культуры в ст. Пашковской, на Краснодарском городище (р-н Дубинки), за кожевенными заводами. Кроме самостоятельных археологических исследований, музей принимал участие в экспедициях, проводившихся научными центрами страны. В результате работ 1939-40 гг. в фонды музея поступило 5,1 тыс. предметов.

В конце 1930-х гг. Краснодарский историко-краеведческий музей стал превращаться в базовый научно-методический центр для музеев края.

Война внесла существенные коррективы в работу музея: патриотизм и героическая история прошлого стали основными темами в просветительской и экспозиционной деятельности. С целью поднять моральный настрой общества сотрудники активизировали работу по сбору и показу артефактов суровых дней войны (вещей, документов, оружия красноармейцев и трофеев). На выставках демонстрировались письма советских воинов, а также предметы обмундирования и вооружения германской армии. В 1942 г. коллекция трофеев была дополнена знаком головного убора дивизии СС «Мертвая голова»; личным медальоном немецкого солдата; железным крестом; эрзац-валенками (2,4 кг вес каждого), которые и сегодня экспонируются в музее.

«В связи с быстрым приближением        противника к Краснодару, – сообщала директор Ф.В. Навозова, – музей не успел заблаговременно эвакуироваться. Наиболее ценные экспонаты были спрятаны в тайнике и заземлены». Шесть месяцев оккупации (9 августа 1942 г. – 12 февраля 1943 г.) стали самыми страшными за всю историю Краснодара. Музей был конфискован «именем штаба Розенберга», который занимался вывозом наиболее ценных экспонатов и библиотек в Германию из оккупированных территорий. Среди потерь Краснодарского историко-краеведческого музея самая ценная часть – это археологическая коллекция: изделия из драгоценных металлов (в основном из золота) и камней из скифских курганов; а также этнографические и историко-бытовые предметы, более 3 тыс. книг.

За время оккупации было расхищено и испорчено оборудование – витрины, стулья, столы, оконные рамы и др. Музею срочно требовался ремонт. Но, несмотря на имевшиеся трудности, 5 марта 1943 г. он был открыт для посетителей. Краснодарский музей оказал помощь экспонатами разоренным гитлеровцами Ейскому и Темрюкскому краеведческим музеям.

После освобождения края музей возобновил археологические изыскания. В ст. Ладожской были найдены знаменитые золотые украшения меотской культуры: проволочные браслеты и серьги в виде фигурок баранов II в. до н.э.

Важными для края в народнохозяйственных целях стали природные изыскания музея. В 1943 г. было закончено прерванное оккупацией исследование природных источников предгорий Горячего Ключа, содержащих йод: установлена возможность добычи йода параллельно с солеварением на Солоноярских источниках, в так называемых Черкесских колодцах.

Подводя итоги работы за 1945 г., начальник краевого отдела культпросветработы И.С. Яковенко выразил благодарность сотрудникам Краснодарского музея: «Работая в трудных условиях, коллектив полностью восстановил экспозицию по отделам истории и природы; провел 6 экспедиций; собрал 969 экспонатов (представил на государственный учет 582 экспоната); организовал 10 выставок; провел 79 консультаций, 150 лекций».

Надежда и питаемый ею оптимизм задавали ударные темпы началу послевоенной жизни. В музейной сфере также наметились кардинальные перемены: отныне основу музейной коллекции должны были составлять подлинники, а не готовые растиражированные материалы. Особое значение придавалось массово-политической работе среди населения. Музейщики выезжали в колхозы во время посевной и уборочной страды с показом передвижных выставок, читали лекции на промышленных площадках и в образовательных учреждениях. О впечатлении от лекции «Кубань в эпоху великого оледенения» краснодарский восьмиклассник поделился в книге отзывов: «Ледниковая эпоха предстала перед глазами – живая природа, дикие животные, человек с кривыми ногами, большой головой и запавшими глазами…».

Весь послевоенный период музей участвовал в масштабных археологических работах, палеонтологических и «охранных» экспедициях. В крае взято на учет 1,5 тыс. памятников истории и археологии, 905 братских могил воинов, погибших в годы Великой Отечественной войны.

Краснодарский музей оказался косвенно причастным к созданию кинофильма «Кубанские казаки» режиссера И.А. Пырьева, который снимался летом 1949 г. в Курганинском и Гулькевических районах. Для составления эскизов костюмов музей предоставил костюмерам материалы о быте кубанских казаков.

Одной из примет эпохи стал курс на усиление антирелигиозной пропаганды. Сотрудники музея стали читать лекции: «Научные предвидения и религиозные суеверия», «Великие и грозные явления природы». После запуска СССР первого в мире искусственного спутника земли появилась новая тема – «Искусственные спутники земли». Приметой эпохи стала реабилитация этнографической науки. В это время были собраны экспонаты XIX – начала XX вв. Началось комплектование темы «Культура и быт трудящихся края». В 1956 г. совместно с архивами Краснодарского края оформлено 30 личных дел участников Гражданской войны, собрано 185 фотографий, 130 документов, 22 воспоминаний.

1960-е гг. стали для музея знаменательными. В 1961 г. музей обрел новое здание – памятник архитектуры начала XX в. – особняк купцов Богарсуковых, в котором располагается и поныне. В новом помещении коллектив начал работать с новым директором – Инессой Васильевной Шевченко (с 18 октября 1961 г.). С ее именем в музее связана целая эпоха – 26 лет плодотворной деятельности, превращение музея в музей-заповедник.

Начало 1960-х гг. ознаменовалось новыми формами просветительной деятельности. Впервые в 1963 г. для передвижных выставок стал использоваться вагон-музей, выделенный бесплатно профсоюзом железнодорожной станции Краснодар Северо-Кавказского отделения дороги. Он перемещался с музейными выставками по железнодорожным станциям Кубани в сопровождении экскурсовода.

Музей стал площадкой для масштабных мероприятий – торжественные пионерские линейки и открытые комсомольские собрания, день школьника, встречи с «замечательными людьми края». Подготовка празднования 50-летия Октября вовлекла в орбиту музейной деятельности большое количество добровольных помощников – в мае 1965 г. было создано 10 инициативных групп ветеранов войны и труда по сбору материалов. 150 волонтёров оказывали помощь музею. Активисты укомплектовали 539 «личных дел» участников революции и Гражданской войны.

В 1960-е гг. в музее активно развивается экспозиционная деятельность. Был построен раздел по археологии от палеолита до средневековья, который просуществовал  более 30 лет. Тогда же появилась экспозиция «История Кубани во второй половине XVIII – начале XX вв.», масштабные экспозиции по советской истории – «Промышленность Кубани за 50 лет советской власти», «Сельское хозяйство Кубани за 50 лет советской власти». В четырех залах расположилась экспозиция отдела природы, включающая разделы – «Палеонтология», «Полезные ископаемые», «Кавказский заповедник». Периодически отдел природы устраивал эффектные выставки живых цветов и растений по сезонам: в мае – тюльпанов, в июне – роз, в сентябре – лекарственных растений, в ноябре – кактусов.

В 1970-е гг. музей транслировал в обществе идеи равенства и братства, мира и дружбы народов СССР, интернационализма, созидательного труда. Авто-музей выезжал на полевые станы, механизированные тока, животноводческие фермы, к строителям железной дороги Краснодар–Туапсе, Краснодарского водохранилища. В отдаленные районы (Ейский, Староминской, Старощербиновский и др.) отправлялся вагон-музей. Популярностью пользовался цикл встреч под рубрикой «Говорят ученые Краснодарского края». За успешную работу по обслуживанию населения музей награжден дипломом Министерства культуры СССР (1974 г.).

С 1954 г. и до середины 1970-х гг. для сотрудников Краснодарского музея началась эпохальная по масштабам и значению археологическая работа по исследованию территории строительства Краснодарского водохранилища. Всего было исследовано более 1 тыс. древних и средневековых погребений. В фонды музея в 1972 г. поступили 7,2 тыс. археологических экспонатов. В ходе этнографических экспедиций в аулах Адыгейской автономной области удалось собрать интересные экспонаты, характеризующие социально-экономические и социокультурные аспекты жизни адыгов конца XIX – начала XX вв.: предметы быта, труда, религиозного культа, украшения.

В 1969–1974 гг. Краснодарский историко-краеведческий музей занял прочную нишу в краевой инфраструктуре, став важным членом регионального музейного сообщества, головным музеем Северо-Кавказской зоны. 5 января 1977 г. совершилось историческое событие в жизни музея: Постановлением Совета Министров РСФСР был создан Краснодарский государственный историко-археологический музей-заповедник на базе Краснодарского краевого, Тимашевского, Анапского, Темрюкского краеведческих музеев и памятников археологии в городах Анапа и Тамань.

В марте 1987 г. музей возглавил Иван Иванович Борзило, который организовал активную выставочную деятельность. Фондовые коллекции экспонировались как в центральных музеях страны, так и за рубежом. Совместным проектом с музеем Востока и Эрмитажем стала выставка «Шедевры древнего искусства Кубани» (1987 г.), где КГИАМЗ представлял находки из памятников меотско-сарматского времени (VI в. до н.э. – IV в. н.э.). В 1988 г. эта выставка экспонировалась в Колумбии. В 1989 г. «Декоративно-прикладное искусство народов Северного Кавказа» демонстрировалось в Мангейме (ФРГ); в августе – декабре 1990 г. «Таинственная Кубань» экспонировалась в Загребе (Югославия). В марте 1991 г. «Кочевники евразийских степей» выставлялись в Осаке (Япония).

2 ноября 1990 г. музею-заповеднику было присвоено имя его основателя – Евгения Дмитриевича Фелицына. После распада Советского Союза и смены государством политических ориентиров произошли серьезные изменения и в жизни КГИАМЗ. В 1992 г. филиалы Тихорецкий историко-революционный (1968–90), Славянский историко-краеведческий (1983–90) и Крымский военно-исторический (1985–90) получили статус самостоятельных государственных музеев краеведческого профиля. В 1994 г. сдан в эксплуатацию новый музей семьи Степановых, ставший своеобразным храмом памяти о Великой Отечественной войне. Указом Президента РФ от 20.12.1995 г. Краснодарский государственный историко-археологический музей-заповедник им. Е.Д. Фелицына с филиалами внесен в Перечень объектов исторического и культурного наследия общероссийского значения.

На средства, выделенные администрацией Краснодарского края из бюджета (более 70 млн. рублей), был отреставрирован особняк Богарсуковых (2004–2008 гг.). Здесь хранятся возвращенные из эмиграции в 2007 и 2011 гг. регалии Кубанского казачьего войска.

В 2010 г. проведена реставрация дома атамана Я.Г. Кухаренко – Литературного музея Кубани, где открыта новая экспозиция.

При финансовой поддержке администрации Краснодарского края было построено новое здание для музея, в котором открылась экспозиция «Кубань в годы Великой Отечественной войны». В 2011 г. этот экспозиционно-выставочный проект удостоен премии администрации Краснодарского края в области науки и культуры.

Сегодня государственное бюджетное учреждение культуры Краснодарского края «Краснодарский государственный историко-археологический музей-заповедник им. Е.Д.Фелицына» является самым крупным музейным объединением Северо-Кавказского региона. Кроме головного музея и двух отделов в Краснодаре – Литературный музей Кубани и Мемориальный музей-квартира народного артиста СССР Г.Ф. Пономаренко в состав учреждения входят 4 филиала, расположенных в Анапе, Темрюке, Тамани и Тимашевске.

Анапский археологический музей хранитель уникального объекта античного культурного наследия — археологического заповедника «Горгиппия».
Таманский музейный комплекс, создан на основе материалов из раскопок Таманского городища, здесь же в станице почти 50 лет назад был открыт Дом – музей М.Ю. Лермонтова, в основу экспозиции которого легла повесть «Тамань».
Уникальные предметы об истории колонизации Северного Причерноморья хранит Темрюкский историко-археологический музей. А при въезде в город можно увидеть музей боевой техники «Военная горка».

Тимашевский музей семьи Степановых – единственный в России музей, посвященный подвигу простой русской женщины-матери, потерявшей девятерых сыновей на фронтах Гражданской и Великой Отечественной войн.
Музей и его филиалы щедро делится с гостями своими богатствами – археологическими артефактами древних народов, возвращенными из эмиграции регалиями и реликвиями кубанского казачьего войска, рассказывает о героической и трудовой истории советского народа в Великой Отечественной войне и в послевоенный период, о самых интересных событиях современной истории, природе родного края.
Ежегодно учреждение посещают порядка 600 тысяч человек. Свыше полумиллиона экспонатов хранится в запасниках, которые постоянно пополняются новыми предметами.
Реализуются десятки выставочных проектов, среди последних “СВОи Герои”, “История Кубани. Земляки и соседи”, “На перекрестке двух эпох”, “Святыни земли Кубанской”, “От камня до металла. Археологическая история Краснодарского края”, “Материнская слава Кубани” и многие другие.

Постоянные экспозиции наполняются аудиогидами, а самые знаковые предметы с помощью 3Д- сканера оцифровываются и размещаются на всероссийской цифровой платформе интерактивных гидов с технологией дополненной реальности «Артефакт» в рамках национального проекта «Культура».
Также отдельного внимания заслуживает реализованный в рамках нацпроекта мультимедийный выставочный проект “Величие и боль семьи Степановых” в Тимашевском музее семьи Степановых, работа с новым оборудованием позволила увеличить посещаемость филиала в 2 раза.
В настоящее время сотрудники музея предлагают посетителям самые разнообразные культурно-просветительские, патриотические и научные мероприятия. Проводятся интереснейшие иммерсивные экскурсии, которые в полной мере погружают посетителей в историю Кубани.
Для ценителей созданы аудиоспектакли “О главной улице с любовью” и “Я видел это”, где в главных ролях голоса лучших музейных экскурсоводов и актеров Краснодарского академического театра драмы им. М. Горького.
Продолжается работа по созданию новых интересных маршрутов для пешеходных экскурсий по самым знаковым местам Краснодара.
С целью патриотического и духовного воспитания молодежи, формирования исторической и национальной гордости музеем реализуются долгосрочные патриотические проекты, посвященные Великой Отечественной войне 1941-1945 годов, истории проведения Специальной военной операции, направленные в том числе на противодействие фальсификации исторической правды. Кроме того, организовано активное взаимодействие с военно-историческими музеями новых субъектов Российской Федерации и Республики Беларусь.

Продолжается деятельность по обмену выставками с федеральными и государственными музеями страны. Так, за последние годы предметы из своих фондов представили: Музеи Московского Кремля, Российский этнографический музей Санкт-Петербурга, Всероссийский историко-этнографический музей из города Торжка Тверской области, государственный исторический музей-заповедник “Костенки” Воронежской области и другие.

Из разноцветного калейдоскопа событий в жизни музея последних лет можно выделить особое внимание администрации Краснодарского края и министерства культуры к вопросу сохранения культурного наследия.
В рамках программы «Развитие культуры» в 2023 году выделена субсидия на проведение работ по сохранению 73 предметов военной техники музейного комплекса “Военная горка”. В настоящее время завершается реставрация последнего предмета из большой коллекции казачьих знамен, отреставрировано уникальное напрестольное Евангелие издания 1759 года. Вскоре предмет вернется на свое почетное место в экспозицию «Регалии и реликвии Кубанского казачьего войска».
Благодаря поддержке губернатора Краснодарского края Вениамина Ивановича Кондратьева из краевого бюджета выделены дополнительные средства на ремонт фасада объекта культурного наследия «Гранд-Отеля мадам Губкиной», который вскоре обретет свой первоначальный облик.
При такой поддержке, когда прошлое бережно сохраняется ради будущего, весь коллектив музея смело идет вперед, с честью и достоинством неся имя своего славного основателя – Евгения Дмитриевича Фелицына!