14 августа 1775 года Екатерина II подписала манифест «Об уничтожении Запорожской Сечи и о причислении оной к Новороссийской губернии». Главной причиной подобного решения стало покорение Крыма и «усмирение» татар. Бывшие казацкие старшины уравнивались в правах с дворянством, прочим предлагалось вступить в ряды гусар или драгун. Были конфискованы архив, казна, а также воинские знамёна. Запорожская Сечь была ликвидирована, просуществовав около 250 лет.
Этому закону предшествовала масштабная операция. Императрица возложила решение данной задачи на плечи своего фаворита, князя Григория Потёмкина-Таврического. Тот, в свою очередь, приказал генералу П. Текели во главе войск выдвинуться для окружения казачьих укреплений.
5 июня 1775 года войска П. Текели и Ф. Чобры подошли к Запорожью. Около десяти тысяч пехотинцев, гусары и пять десятков конных полков ночью окружили Сечь. Праздновавшие в тот день казаки не ожидали такого манёвра – конный эскадрон, при поддержке Орловского пехотного полка, прошёл незамеченным мимо спящих часовых и без единого выстрела занял оборонительные укрепления перед крепостью.
Такое развитие событий обескуражило казаков, воспользовавшись их замешательством Текели зачитал ультиматум о сдаче крепости и расформировании Запорожской Сечи и дал атаману Калнышевскому два часа на убеждение остального казачества.
Большая часть рядовых казаков была категорически против предъявленных требований и готовилась броситься в бой с императорскими войсками. Только с помощью главы казачьего духовенства В. Сокальского, увещевавшего «Убойтеся Бога! Что вы думаете, дети? Вы християне и подымаете руки против христиан!», Петру Калнышевскому и старшинам удалось уговорить казаков сдать крепость. Стоит учесть, что существенно потрепанное в боях с турками войско Запорожского Казачества насчитывало на тот момент около 10 тысяч бойцов, в то время как императорские войска в совокупности составляли около 80 тысяч. Кроме того, казаки понимали участь своих жен и детей в случае их неповиновения приказу Императрицы.
Почти все казаки получили выбор – вступить в ряды официальных воинских частей или покинуть территорию. Троих, Петра Калнышевского, Павла Головатого и Ивана Глобу, Екатерина II сослала в различные монастыри за измену в пользу Турции.
Часть запорожских казаков не готовы были расстаться с вольницей и терпеть суровые армейские порядки и, перейдя через Крымское Ханство, осталась в Турции. Султан Османской Империи позволил им основать Задунайскую Сечь в обмен на предоставление в своё распоряжение пяти тысяч бойцов.
Напряженные отношения с Турцией и назревавшая война сыграла на руку казакам. Сформированное под руководством Суворова «Войско верных Запорожцев» участвовало во многих битвах русско-турецкой войны 1787-1792 годов и впоследствии, было вознаграждено Екатериной II – на заселение и освоение казакам была выделена правобережная область Кубани.