Здание вокзала в Екатеринодаре было построено в 1889 г., но во время Великой Отечественной войны было разрушено. Восстановление здания вокзала началось после освобождения Краснодара. Однако разрушения были слишком серьёзными и было принято решение о возведении вокзала по новому проекту.

Первоначальный проект разработал архитектор А. Душкин работа над проектом началась в 1947 г. Автором окончательного проекта стал архитектор Г.И. Волошинов. Здание было построено в классическом стиле.

Здание вокзала было симметричным, имел ярко выраженную центральную ось, которая была подчёркнута главным входом в большом витраже и башней со шпилем. При строительстве использовались мраморная плитка, дубовый массив, лепной декор. Центральный зал украсил просторный купол. Здание вокзала было в три раза больше прежнего.

В августе того же года на башне вокзала были установлены и пущены в ход часы с диаметром циферблата 2 метров 20 сантиметров. Их изготовили в мастерских Московского механического института, монтировал и пускал их в ход известный в стране мастер башенных часов В. Пушкарёв. Вокзал был рассчитан на вместимость до 700 пассажиров.

В 1999 – 2000 гг. здание вокзала Краснодар-1 было реконструировано.