2 ноября 1990 г. Краснодарскому государственному историко-археологическому музею-заповеднику было присвоено имя его основателя Евгения Дмитриевича Фелицына.

В 1879 г. секретарь Кубанского областного статистического комитета Е.Д. Фелицын создаёт при статкомитете Войсковой этнографический и естественноисторический музей. 12 июля 1908 г. музей получил официальный статус. После революции  это был Кубано-Черноморский областной музей. В 1924 г. музей получил статус научного. В то время музей располагался в доме на ул. Рашпилевской 3. В 1961 г. Краснодарский краеведческий музей переехал в здание на ул. Гимназической 67.

В 1932 г. Краснодарский музей получает статус краеведческого. В 1977 г. создаётся Краснодарский государственный историко-археологический музей-заповедник. Его филиалами становятся Анапский археологический музей, Таманский музейный комплекс, Темрюкский историко-археологический музей и Тимашевский музей семьи Степановых. В настоящее время в фондах Краснодарского государственного историко-археологического музея-заповедника им. Е.Д. Фелицына хранится 428 тысяч экспонатов.