Основан Указом императора Александра II, который утвердил для развития торговли и промышленности в земле войска Черноморского учредить в пределах войска на Азовском море у Темрюкского лимана торговый порт и портовый город Темрюк.

Город был основан черкесским князем Темрюком, который в 1556 г. дал своё имя крепости и первому поселению при ней. Период княжения Темрюка совпал с попыткой расширения влияния России на Северном Кавказе, обусловленного государственной политикой Ивана Грозного, ставившего своей целью выйти к побережьям северных, северо-западных и южных морей. Вероятно, эту цель преследовал и династический брак русского царя и дочери князя. Однако в этот период времени в силу ряда причин закрепиться России на Северном Кавказе не удалось, хотя идея расширения пределов государства на юг со временем становится всё более актуальной.

По результатам Русско-турецкой войны 1768-1774 гг. и условиям Кучук-Кайнарджийского мирного договора в состав Российской империи вошли первые земли в Крыму, на северном побережье Чёрного моря, а также Приазовье и Кабарда. Манифестом 8(19) апреля 1783 г. «О принятии полуострова Крымского, острова Тамана и всей Кубанской стороны под Российскую державу».

В 1792 г. Темрюк был передан во владение запорожских (черноморских) казаков и стал называться Темрюкским урочищем. Впоследствии Темрюкское урочище превратилось в Темрюкскую станицу.

Во исполнение высочайшего Указа Александра II об учреждении города Темрюка, в Положении заседания администрации Темрюка, сказано: “На Азовском море, в пределах земли войска Черноморского у так называемого Темрюкского (Курчанского) лимана открывается порт и учреждается на месте называемым Темрюкской станицей, портовый город Темрюк”.

Учреждение морских ворот дало сильнейший толчок развитию города. Уже в 1861 г. открылась почтовая контора, в 1865 – телеграфная станция, в 1870 – городской общественный банк. С 1января 1870 года начал функционировать Индо-Европейский телеграф и учреждена контрольная станция.

Сегодня Темрюк – это крупный развивающийся морской порт,  имеющий все предпосылки для успешного экономического развития.