15 ноября 1929 г. было создано Краснодарское высшее военное училище имени генерала армии С.М. Штеменко.

Училище было основано при Военной академии им. М.В. Фрунзе как «Специальные курсы усовершенствования среднего и старшего начального состава Красной Армии». В январе 1950 г. курсы были преобразованы в среднее военное училище специальной связи. В августе 1954 г. было переведено из Ростова-на-Дону в Краснодар и размещено в здании бывшего Кубанского Мариинского женского института. В 1964 г. было переименовано в Краснодарское военное училище

В 1970 г. Краснодарское военное училище было преобразовано в высшее военное училище. 10 февраля 1977 училищу было присвоено имя Сергея Матвеевича Штеменко – начальника Генерального штаба в годы Великой Отечественной войны. В 1998 г. училище было преобразовано в Краснодарский военный институт. В 2004 г. Краснодарский военный институт был переименован в Краснодарское высшее военное училище (военный институт) им. генерала армии С.М. Штеменко. В 1969 г. училище награждено орденом Красного знамени, а в 1979 г. орденом Октябрьской Революции.