16 декабря 1906 г. Кубанский Войсковой музей получил самостоятельный статус.

В 1906 г. начался новый этап в истории музея. 16 декабря Главное управление казачьих войск и Военный совет приняли решение удовлетворить ходатайство Кубанского областного правления и наказного атамана Н.И. Михайлова о выделении музея в самостоятельную единицу из статистического комитета с ежегодным ассигнованием 3500 рублей на его содержание из общего войскового капитала Кубанского казачьего войска 1500 рублей ежегодного пособия. Кубанский Войсковой музей был создан в 1879 г. при Кубанском статистическом комитете и к этому времени в музее хранилось более 1500 предметов.

Музей получил название Кубанский Войсковой этнографический и естественноисторический музей. В 1907 г. музею было передано здание, арендованное Кубанским войсковым правительством  у Свято-Михайло-Афонской пустыни. Здание располагалось на улице Рашпилевская 3 и до настоящего времени не сохранилось. 12 июня 1908 г. первым заведующим Кубанского Войскового этнографического и естественноисторического музея стал общественный деятель Кирилл Трофимович Живило.