1 марта 1919 года был организован кабинет судебной  экспертизы Центророзыска  Главного управления милиции НКВД РСФСР.

Первым государственным судебно-экспертным учреждением был Медицинский совет при Департаменте полиции, учрежденный 31 декабря 1803 г. Он проводил криминалистические исследования документов и контролировал подобные экспертизы, проводимые другими учреждениями. В 1836 году новым Положением о Медицинском совете круг объектов, подлежащих его исследованию, был расширен. Помимо документов, экспертизе стали подвергаться и другие вещественные доказательства.

В 1856 году при Медицинском департаменте была организована первая лаборатория микроскопических исследований вещественных доказательств.

В 1889 году Е.Ф. Буринский организовал в здании Петербургского окружного суда первую в мире судебно-фотографическую лабораторию. А через четыре года начала функционировать, созданная им, судебно-фотографическая лаборатория при прокуроре петербургской судебной палаты, а позже при МВД России.

В 1892 году английский учёный Фрэнсис Гальтон опубликовал результаты своих исследований папиллярных узоров пальцев человека. В том же году Московская сыскная полиция стала снимать отпечатки пальцев у некоторых категорий преступников. Аналогичная практика была введена в полиции Петербурга, Киева и других городов. Появились первые дактилоскопические картотеки. Дактилоскопическая регистрация, однако, официально была введена лишь в 1906 году. Тремя годами позже были произведены две первые дактилоскопические экспертизы, сыгравшие важную роль в расследовании убийств.

В 1912 году была реорганизована судебно-фотографическая лаборатория и на её базе, при прокуроре петербургской судебной палаты, был создан первый в России Кабинет научно-судебной экспертизы.

Начиная с  июля 1921 года, Кабинет Центророзыска был несколько раз реорганизован,

Сегодня в ЭКЦ МВД проводятся 50 существующих видов экспертиз: баллистическая, трасологическая, строительная, почвоведческая, компьютерная, фоноскопическая, лингвистическая, экспертиза ДНК и множество других. Каждый год в ЭКЦ открываются новые виды производимых экспертиз.