Конец XIX века был ознаменован в Новороссийске приходом Новороссийской ветви Владикавказской железной дороги – от станции Тихорецкой, через город Екатеринодар, до Новороссийска, которая обслуживала лишь Новороссийский порт в пределах губернии, возведением крупнейшего в Европе элеватора, строительством порта мирового класса, бурной деятельностью цементных заводчиков и экспортеров нефтепродуктов, превратившими некогда провинциальный приморский городок в крупный промышленный центр и транспортный узел на Юге России. Успехи индустриального Новороссийска не гармонировали с удручающими темпами хозяйственного освоения Черноморского округа в целом.

На это обстоятельство и обратил внимание правительства министр земледелия и государственных имуществ Алексей Сергеевич Ермолов, совершивший в августе-октябре 1894 г. инспекторскую поездку по Кавказу. В своем отчете, адресованном самодержцу, он указал на основные причины, препятствующие экономическому подъему Черноморья: незнание переселенцами природно-климатических, почвенных и агрокультурных особенностей края; неудачный выбор мест, отведенных под новые поселения; отсутствие государственных программ по подбору кандидатов для переселения на Побережье; наличие большого числа крупных, но заброшенных до сего времени землевладений, а также отсутствие дорог и средств, необходимых для освоения новых земель и обустройства переселенцев. Исправить создавшееся положение можно было лишь в результате скоординированных усилий центральных ведомств, наделенных правами законодательной инициативы.

15марта 1895 года последовало высочайшее повеление об учреждении Особой комиссии под председательством члена Государственного совета, гофмейстера Николая Саввича Абазы. Результатом работы Особой комиссии явилось высочайше утвержденное 23 мая 1896 года мнение Государственного совета, которое в рамках судебных преобразований второй половины XIX в. вводило специальные правила об устройстве судебной части и о производстве судебных дел в Черномории. С этой целью предписывалось: «I. Черноморский округ изъять из подчинения в порядке управления начальнику и областным учреждениям Кубанской области. Образовать из этого округа в существующих его границах Черноморскую губернию введя ее в состав Закавказья…

Административным центром новой губернии был определен город Новороссийск. В состав новой губернии входило три округа: Новороссийский округ – административный центр город Новороссийск, Туапсинский округ – административный центр город Туапсе и Сочинский округ – административный центр посад Сочи, который простирался от нынешнего поселка Лазаревское до города Гагры (ныне территория Республики Абхазия) включительно.

Собственно, других городов в Черноморье на тот момент не оказалось. Сочи и Туапсе имели статус посадов, а Геленджик и вовсе числился деревней.

Управление Черноморской губернией предстояло осуществлять губернатору, подчиненному Главноначальствующему гражданской частью на Кавказе и губернским учреждениям.

Из трех округов губернии наибольшую площадь занимает южный Сочинский округ, затем следует средний Туапсинский  и наконец, наименьший северный Новороссийский

В марте 1918 года в ходе революционных событий  Черноморская губерния была ликвидирована, на её территории образовалась Черноморская советская республика, входящая в РСФСР.

26 августа 1918 года Новороссийск перешёл под контроль белой армии, была назначена администрация восстанавливаемой Черноморской губернии, функционировавшая до эвакуации белых в марте 1920 года.

11 мая 1920 года был образован Черноморский округ в составе Кубано-Черноморской области.