16 ноября 1832 г. в Екатеринодаре была создана Войсковая врачебная управа Черноморского казачьего войска.

В Черноморском войске устанавливался штат врачей в него входили войсковой ветеринарный врач, три окружных врача при них три старших и три младших лекарских ученика и три повивальные бабки. Войсковой ветеринарный врач и окружные врачи находились в подчинении врачебной управы войска. Врачебная управа подчинялась войсковому атаману и войсковой канцелярии, но одновременно была в непосредственном подчинении Министерства внутренних дел. Всё медицинское управление в Черноморском войске финансировалось Государственным казначейством.

Врачебная управа осуществляла надзор за деятельностью всех врачебных заведений войска: госпиталя, лазаретов, больниц, заботилась о снабжении врачебных заведений медикаментами и продовольствием, занималась подготовкой медицинских кадров. В штат Врачебной управы Черноморского войска входили: инспектор, медик по хирургии и акушерству, письмоводитель, канцелярский служитель низшего разряда.

В 1842 г. вышло новое «Положение о Черноморском войске», согласно которому управление Черноморским войском подразделялось на военное и гражданское. В гражданском отношении органы управления разделялись на войсковые, окружные и станичные. К числу войсковых учреждений входила и врачебная управа.