В 1942 году был создан Южный штаб партизанского движения (ЮШПД).

Он был принят после постановления Государственного комитета обороны при Военном совете Северо-Кавказского фронта. Южный штаб партизанского движения должен был руководить партизанскими отрядами и для развития партизанского движения на оккупированной врагами территории Кубани, Крыма, Ставрополья и северокавказских автономных республик.

Первоначально располагался в Сочи. Начальником штаба был назначен полковник Хаджи-Умар Мамсуров. В состав штаба предписывалось ввести секретарей Краснодарского крайкома, Ростовского и Крымского обкомов ВКП (б). Подчинялся Центральному штабу партизанского движения при Ставке Верховного Главнокомандования и Военным советам фронтов, при которых штаб функционировал.

В период с 7 марта по 17 апреля 1943 года, когда Центральный штаб партизанского движения был временно расформирован, руководство партизанским движением возлагалось на местные партийные органы.

3 сентября 1942 года начальником штаба Южного штаба партизанского движения был назначен первый секретарь Краснодарского крайкома ВКП (б) Пётр Селезнёв.

После освобождения Краснодара Южный штаб партизанского движения был передислоцирован из Сочи в Краснодар, где начал работу с марта 1943 года. В конце июля 1943 года Южный штаб был переименован в Краснодарский штаб партизанского движения.

20 сентября 1944 года Краснодарский штаб партизанского движения был расформирован.